Đại học Copenhagen được Giáo hoàng Sixtus IV cho phép thành lập năm 1475 và được vua Christian I khánh thành ngày 1 tháng 6 năm 1479. Theo mẫu của Đức, lúc đầu trường có 4 phân khoa: thần học, luật học, y học và triết học. Cho tới thời Cải cách (sang đạo Tin Lành năm 1536), trường thuộc Giáo hội Công giáo La Mã và do Giám mục giáo phận Roskilde giám sát. Trường có quyền tự trị rất lớn: có luật và tòa án riêng, có cơ quan an ninh trật tự và nhà tù riêng (Hiện vẫn còn di tích các nhà tù ở các tầng hầm của trường cũ). Từ thời Cải cách, trường do nhà nước quản lý.

Tiến sĩ Peder Albertsen là hiệu trưởng đầu tiên của trường. Từ đầu cho tới năm 2004, Đại học Copenhagen được lãnh đạo bởi 1 hiệu trưởng và 1 ban điều hành (konsistorium). Năm 2004 đã bãi bỏ Ban điều hành, thay bằng Ban quản trị và một Ban lãnh đạo gồm hiệu trưởng, hiệu phó, các trưởng phân khoa và các lãnh đạo các viện. Từ ngày 1 tháng 11 năm 2005 Giáo sư Tiến sĩ Ralf Hemningsen làm hiệu trưởng.

Từ ngày 1 tháng 1 năm 2007 Đại học Copenhagen đã hợp nhất với Trường Cao đẳng Nông Lâm và Thú y Hoàng gia cùng Đại học Dược khoa. Hiện trường có 5.500 nghiên cứu sinh.